塑化劑風暴延燒出台灣的食品安全衛生問題，外界質疑政府對食品安全的預算是否過低，導致人員不足、檢驗不周等問題。對此，衛生署食品藥物管理局局長康照洲表示，預算確實還有增加的空間，不過並沒有外界質疑的那麼少，可能外界對於預算的計算基準有誤差，才會導致此問題。
塑化劑風暴引發國內對於食品安全問題的討論，毒物科專家林杰樑4日提出質疑，認為政府在食品安全上根本沒有重視。因為根據監察院的調查報告顯示，食品藥物管理局一年的預算，有22到23億元，其中食品管理業務預算，只有1.2億元，如果以全國2,300萬民眾來計算，平均每個國人只分到5.21元。
對此，食品藥物管理局局長康照洲表示，預算不能僅用業務費來計算，還有相關的費用是列在其他項目裡，因此外界的計算標準可能有所誤差。康照洲說：『(原音)他那個預算可能是我們的業務費用，但因為我們還有科技費用、還有人事費用，所以這是加起來，當然我們也覺得說可以增加，但是沒有那麼少，所以這個可能他的計算的基準可能是有一點誤差。』
衛生署長邱文達則表示，預算的問題還需要與行政院等各單位進行協調，衛生署也會依照民眾的需求進行適度的調配。不過，在本次的稽查行動中，稽查人力與檢驗人力目前都堪稱足夠。
邱文達也表示，稽查行動到5日為止已進行到第六天。截至5日上午6點，被稽查的商家數總共有1萬1,072家，由於各地方衛生局非常努力在查，因此速度比之前更快，目前被要求下架廠商也達到1,182家，不過涉案廠商並無增加，顯見稽查行動已達到一定成效。
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